Réseaux de régulation chez Escherichia coli

L'adaptation d'une bactérie aux changements de son environnement est contrôlée par un réseau de régulation large et complexe, faisant intervenir de nombreux acteurs et modules différents. Dans ce travail, nous avons étudiés un module de régulation spécifique, contrôlant l'adaptation de la bactérie Escherichia coli à un changement de sources de carbone. Dans un milieu contenant du glucose et de l'acétate, la croissance est divisée en deux phases : les bactéries utilisent préférentiellement le glucose et commencent à métaboliser l'acétate qu'après l'épuisement du glucose. En effet, la présence du glucose réprime la transcription d'un gène nécessaire à la croissance sur acétate, le gène acs (codant pour l'acétyl-CoA synthétase). Le mécanisme régulateur fait intervenir le facteur de transcription Crp-AMPc et le système de transfert de phosphate (PTS), qui permet l'import du glucose. Plusieurs modèles décrivent en détail la cascade de réactions moléculaires à l'origine de cette répression catabolique . Cependant, certaines de nos observations expérimentales ne sont pas correctement prédites par les modèles actuels. Ces modèles doivent être révisés ou complétés. L'outil majeur que nous employons pour les expériences est la fusion transcriptionnelle : une région promotrice fusionnée en amont d'un gène rapporteur (GFP, luciferase). Avec ces constructions, nous mesurons la dynamique de l'expression génique dans différentes souches (mutants) et différentes conditions environnementales. Les observations à l'échelle de la population sont corroborées par des mesures similaires à l'échelle de la cellule unique. Nous utilisons cette même technologie pour construire de petits systèmes synthétiques qui sondent davantage le phénomène de répression catabolique. Nous avons ainsi créé un interrupteur génétique dont le fonctionnement est contrôlé par le flux glycolytique et nous avons construit un petit système de communication intercellulaire basé sur la molécule AMPc. Enfin, nous proposons une manière originale de mesurer l'état métabolique des cellules en utilisant la dépendance énergétique de la luciferase.The adaptation of bacteria to changes in their environment is controlled by a large and complex regulatory network involving many different actors and modules. In this work, we have studied a specific module controlling the adaptation of Escherichia coli to a change in carbon sources. In a medium containing glucose and acetate, growth is divided into two phases : the bacteria preferentially use glucose and start to metabolize acetate only after glucose exhaustion. Indeed, the presence of glucose represses the transcription of a gene needed for growth on acetate : the acs gene (coding for acetyl-CoA synthetase). The regulatory mechanism involves the Crp-cAMP regulator and the phosphate transfer system (PTS), which is responsible for glucose import. Several models describe the cascade of molecular reactions responsible for this catabolite repression . However, our work shows that many of our experimental observations are incorrectly predicted by current models. These models have to be amended.We use transcriptional fusion, i.e., the fusion of a promoter region upstream of a reporter gene (GFP, luciferase), to measure the dynamics of gene expression in different genetic backgrounds and environmental conditions. Observations at the population level are corroborated by similar measurements at the single cell level. We use this same technology to construct small synthetic systems that probe further aspects of the phenomenon of catabolite repression. We have thus created a genetic toggle switch controlled by the glycolytic flux and we have built an inter-cellular communication system mediated by cAMP. Finally, we propose a novel way to measure the metabolic state of cells by using the energy dependence of the luciferase enzyme.SAVOIE-SCD - Bib.électronique (730659901) / SudocGRENOBLE1/INP-Bib.électronique (384210012) / SudocGRENOBLE2/3-Bib.électronique (384219901) / SudocSudocFranceF

Réseaux de régulation chez Escherichia coli

The adaptation of bacteria to changes in their environment is controlled by a large and complex regulatory network involving many different actors and modules. In this work, we have studied a specific module controlling the adaptation of Escherichia coli to a change in carbon sources. In a medium containing glucose and acetate, growth is divided into two phases : the bacteria preferentially use glucose and start to metabolize acetate only after glucose exhaustion. Indeed, the presence of glucose represses the transcription of a gene needed for growth on acetate : the acs gene (coding for acetyl-CoA synthetase). The regulatory mechanism involves the Crp-cAMP regulator and the phosphate transfer system (PTS), which is responsible for glucose import. Several models describe the cascade of molecular reactions responsible for this « catabolite repression ». However, our work shows that many of our experimental observations are incorrectly predicted by current models. These models have to be amended.We use transcriptional fusion, i.e., the fusion of a promoter region upstream of a reporter gene (GFP, luciferase), to measure the dynamics of gene expression in different genetic backgrounds and environmental conditions. Observations at the population level are corroborated by similar measurements at the single cell level. We use this same technology to construct small synthetic systems that probe further aspects of the phenomenon of catabolite repression. We have thus created a genetic toggle switch controlled by the glycolytic flux and we have built an inter-cellular communication system mediated by cAMP. Finally, we propose a novel way to measure the metabolic state of cells by using the energy dependence of the luciferase enzyme.L'adaptation d'une bactérie aux changements de son environnement est contrôlée par un réseau de régulation large et complexe, faisant intervenir de nombreux acteurs et modules différents. Dans ce travail, nous avons étudiés un module de régulation spécifique, contrôlant l'adaptation de la bactérie Escherichia coli à un changement de sources de carbone. Dans un milieu contenant du glucose et de l'acétate, la croissance est divisée en deux phases : les bactéries utilisent préférentiellement le glucose et commencent à métaboliser l'acétate qu'après l'épuisement du glucose. En effet, la présence du glucose réprime la transcription d'un gène nécessaire à la croissance sur acétate, le gène acs (codant pour l'acétyl-CoA synthétase). Le mécanisme régulateur fait intervenir le facteur de transcription Crp-AMPc et le système de transfert de phosphate (PTS), qui permet l'import du glucose. Plusieurs modèles décrivent en détail la cascade de réactions moléculaires à l'origine de cette « répression catabolique ». Cependant, certaines de nos observations expérimentales ne sont pas correctement prédites par les modèles actuels. Ces modèles doivent être révisés ou complétés. L'outil majeur que nous employons pour les expériences est la fusion transcriptionnelle : une région promotrice fusionnée en amont d'un gène rapporteur (GFP, luciferase). Avec ces constructions, nous mesurons la dynamique de l'expression génique dans différentes souches (mutants) et différentes conditions environnementales. Les observations à l'échelle de la population sont corroborées par des mesures similaires à l'échelle de la cellule unique. Nous utilisons cette même technologie pour construire de petits systèmes synthétiques qui sondent davantage le phénomène de répression catabolique. Nous avons ainsi créé un interrupteur génétique dont le fonctionnement est contrôlé par le flux glycolytique et nous avons construit un petit système de communication intercellulaire basé sur la molécule AMPc. Enfin, nous proposons une manière originale de mesurer l'état métabolique des cellules en utilisant la dépendance énergétique de la luciferase

Gene regulatory network in Escherichia coli

L'adaptation d'une bactérie aux changements de son environnement est contrôlée par un réseau de régulation large et complexe, faisant intervenir de nombreux acteurs et modules différents. Dans ce travail, nous avons étudiés un module de régulation spécifique, contrôlant l'adaptation de la bactérie Escherichia coli à un changement de sources de carbone. Dans un milieu contenant du glucose et de l'acétate, la croissance est divisée en deux phases : les bactéries utilisent préférentiellement le glucose et commencent à métaboliser l'acétate qu'après l'épuisement du glucose. En effet, la présence du glucose réprime la transcription d'un gène nécessaire à la croissance sur acétate, le gène acs (codant pour l'acétyl-CoA synthétase). Le mécanisme régulateur fait intervenir le facteur de transcription Crp-AMPc et le système de transfert de phosphate (PTS), qui permet l'import du glucose. Plusieurs modèles décrivent en détail la cascade de réactions moléculaires à l'origine de cette « répression catabolique ». Cependant, certaines de nos observations expérimentales ne sont pas correctement prédites par les modèles actuels. Ces modèles doivent être révisés ou complétés. L'outil majeur que nous employons pour les expériences est la fusion transcriptionnelle : une région promotrice fusionnée en amont d'un gène rapporteur (GFP, luciferase). Avec ces constructions, nous mesurons la dynamique de l'expression génique dans différentes souches (mutants) et différentes conditions environnementales. Les observations à l'échelle de la population sont corroborées par des mesures similaires à l'échelle de la cellule unique. Nous utilisons cette même technologie pour construire de petits systèmes synthétiques qui sondent davantage le phénomène de répression catabolique. Nous avons ainsi créé un interrupteur génétique dont le fonctionnement est contrôlé par le flux glycolytique et nous avons construit un petit système de communication intercellulaire basé sur la molécule AMPc. Enfin, nous proposons une manière originale de mesurer l'état métabolique des cellules en utilisant la dépendance énergétique de la luciferase.The adaptation of bacteria to changes in their environment is controlled by a large and complex regulatory network involving many different actors and modules. In this work, we have studied a specific module controlling the adaptation of Escherichia coli to a change in carbon sources. In a medium containing glucose and acetate, growth is divided into two phases : the bacteria preferentially use glucose and start to metabolize acetate only after glucose exhaustion. Indeed, the presence of glucose represses the transcription of a gene needed for growth on acetate : the acs gene (coding for acetyl-CoA synthetase). The regulatory mechanism involves the Crp-cAMP regulator and the phosphate transfer system (PTS), which is responsible for glucose import. Several models describe the cascade of molecular reactions responsible for this « catabolite repression ». However, our work shows that many of our experimental observations are incorrectly predicted by current models. These models have to be amended.We use transcriptional fusion, i.e., the fusion of a promoter region upstream of a reporter gene (GFP, luciferase), to measure the dynamics of gene expression in different genetic backgrounds and environmental conditions. Observations at the population level are corroborated by similar measurements at the single cell level. We use this same technology to construct small synthetic systems that probe further aspects of the phenomenon of catabolite repression. We have thus created a genetic toggle switch controlled by the glycolytic flux and we have built an inter-cellular communication system mediated by cAMP. Finally, we propose a novel way to measure the metabolic state of cells by using the energy dependence of the luciferase enzyme

El Reyno de Espanna : dividido en dos grandes estados de Aragón y de Castilla : subdividido en muchas provincias donde se halla también el Reyno de Portugal

Marges del mapa graduats.Escala gràfica expressada en Miliaria comunia hispanica i dues equivalències més.A la part superior dreta:"Regnorum Hispania et portugalliae tabula generalis de l'Isliana, aucta et ad Ufum scholarum novissime accomodata à Ioh. Bapt. Homanno S.C.M. Geogr...

Guide de détermination des habitats terrestres et marins de la typologie EUNIS - version 1.0

Ce guide est un outil d’accompagnement à l’identification des habitats avec la typologie EUNIS. Il permet de mieux appréhender cette typologie d’habitat et d’améliorer la rigueur et la reproductibilité des interprétations et identifications réalisées sur le terrain comme préalable aux inventaires, cartographies et suivis. À terme, cela permet d’entrevoir une bancarisation plus efficace des informations sur la distribution des habitats.Sont proposés :• une présentation de la typologie EUNIS (Partie A) ;• des clefs de détermination pour identifier les grands types d’habitats jusqu’au niveau 3 d’EUNIS ; ce qui est le plus souvent possible à toute période de l’année sans relevé floristique (Partie B) ;• des descriptions illustrées pour vérifier l’identification réalisée (Partie C) ;• en complément, les habitats qui peuvent représenter des objectifs particuliers de conservation sont indiqués (Annexe).Ce guide s’adresse au gestionnaire d’espaces naturels (terrestres et marins) pour évaluerles effets d’une action de restauration ou d’une pression anthropique sur les habitats d’un site, au chargé de mission qui identifie les enjeux sur un territoire avant d’y penser une stratégie de préservation de la biodiversité, à un service de l’État qui souhaite connaître si des objectifs particuliers de conservation existent vraisemblablement sur un habitat, à l’étudiant qui analyse les relations espèces/habitats... Ce guide est destiné à l’écologue et au naturaliste, sans connaissance approfondie en botanique ou en phytosociologie

Guide de détermination des habitats terrestres et marins de la typologie EUNIS - version 1.0

Ce guide est un outil d’accompagnement à l’identification des habitats avec la typologie EUNIS. Il permet de mieux appréhender cette typologie d’habitat et d’améliorer la rigueur et la reproductibilité des interprétations et identifications réalisées sur le terrain comme préalable aux inventaires, cartographies et suivis. À terme, cela permet d’entrevoir une bancarisation plus efficace des informations sur la distribution des habitats.Sont proposés :• une présentation de la typologie EUNIS (Partie A) ;• des clefs de détermination pour identifier les grands types d’habitats jusqu’au niveau 3 d’EUNIS ; ce qui est le plus souvent possible à toute période de l’année sans relevé floristique (Partie B) ;• des descriptions illustrées pour vérifier l’identification réalisée (Partie C) ;• en complément, les habitats qui peuvent représenter des objectifs particuliers de conservation sont indiqués (Annexe).Ce guide s’adresse au gestionnaire d’espaces naturels (terrestres et marins) pour évaluerles effets d’une action de restauration ou d’une pression anthropique sur les habitats d’un site, au chargé de mission qui identifie les enjeux sur un territoire avant d’y penser une stratégie de préservation de la biodiversité, à un service de l’État qui souhaite connaître si des objectifs particuliers de conservation existent vraisemblablement sur un habitat, à l’étudiant qui analyse les relations espèces/habitats... Ce guide est destiné à l’écologue et au naturaliste, sans connaissance approfondie en botanique ou en phytosociologie

Guide de détermination des habitats terrestres et marins de la typologie EUNIS - version 1.0

Ce guide est un outil d’accompagnement à l’identification des habitats avec la typologie EUNIS. Il permet de mieux appréhender cette typologie d’habitat et d’améliorer la rigueur et la reproductibilité des interprétations et identifications réalisées sur le terrain comme préalable aux inventaires, cartographies et suivis. À terme, cela permet d’entrevoir une bancarisation plus efficace des informations sur la distribution des habitats.Sont proposés :• une présentation de la typologie EUNIS (Partie A) ;• des clefs de détermination pour identifier les grands types d’habitats jusqu’au niveau 3 d’EUNIS ; ce qui est le plus souvent possible à toute période de l’année sans relevé floristique (Partie B) ;• des descriptions illustrées pour vérifier l’identification réalisée (Partie C) ;• en complément, les habitats qui peuvent représenter des objectifs particuliers de conservation sont indiqués (Annexe).Ce guide s’adresse au gestionnaire d’espaces naturels (terrestres et marins) pour évaluerles effets d’une action de restauration ou d’une pression anthropique sur les habitats d’un site, au chargé de mission qui identifie les enjeux sur un territoire avant d’y penser une stratégie de préservation de la biodiversité, à un service de l’État qui souhaite connaître si des objectifs particuliers de conservation existent vraisemblablement sur un habitat, à l’étudiant qui analyse les relations espèces/habitats... Ce guide est destiné à l’écologue et au naturaliste, sans connaissance approfondie en botanique ou en phytosociologie